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DATA |
TITOLO LEZIONE |
ARGOMENTI TRATTATI |
RIFERIMENTI |
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24/9/2007 |
Introduzione al corso. Cenni di biologia molecolare 1 |
Descrizione del corso e delle modalita' di esame. Introduzione alla bioinformatica. DNA, RNA, e proteine. La cellula. |
Materiale in copisteria sulla biologia molecolare. |
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25/9/2007 |
Cenni di biologia molecolare 2 |
La sintesi proteica: trascrizione, traduzione, codice genetico. Le mutazioni puntuali e genomiche. |
Materiale in copisteria sulla biologia molecolare. |
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1/10/2007 |
Pattern matching 1 |
Pattern matching esatto. Applicazioni in biologia. Soluzione naive. Preprocessing del pattern: idea. Algoritmo di Morris e Pratt. |
Materiale in copisteria su pattern matching. |
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2/10/2007 |
Pattern matching 2 |
Esempi di applicazione dell'algoritmo di Morris e Pratt e suoi limiti. Algoritmo di Knuth Morris e Pratt. Analisi della complessita'. |
Materiale in copisteria su pattern matching. |
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8/10/2007 |
Assegnazione argomenti per seminari. |
Descrizione del docente (a tutti gli studenti) degli argomenti proposti. Espressione delle Preferenze dei gruppi di studenti. Assegnazione argomenti quanto piu' possibile sulla base delle preferenze.... |
Le assegnazioni sono riportate sul sito del corso. |
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9/10/2007 |
Pattern matching 3 |
Algoritmo di Karp e Rabin. Pattern matching con preprocessing del testo: indici. Suffix tree e sua costruzione lineare. Suffix tree generalizzato. Esempi. Pattern matching approssimato. |
Materiale in copisteria su pattern matching. |
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15/10/2007 |
Ricerca di motivi 1 |
Ricerca di motivi esatti con il suffix tree. Nozioni di massimalita' di motivi. Algoritmo KMR. |
Materiale in copisteria su pattern matching. |
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16/10/2007 |
Ricerca di motivi 2 |
Analisi della complessita' di KMR. Esempi. Confronto metodo col suffix tree e KMR. Ricerca di motivi approssimati con il suffix tree. |
Materiale in copisteria su pattern matching. |
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22/10/2007 |
Ricerca di motivi 3 |
Ricerca di motivi strutturati e approssimati con Hamming Distance. L'algoritmo di SMILE. Esempi. Ricerca di motivi approssimati con alfabeto degenerato. |
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23/10/2007 |
Ricerca di motivi 4 Programmazione dinamica |
L'algoritmo KMRC. Esempi. Il paradigma della programmazione dinamica: sottostruttura ottima di un problema. |
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29/10/2007 |
Allineamenti di sequenze 1 |
Allineamento globale di due sequenze. Il problma e dimensione dello spazio di ricerca. Calcolo dello score e dell'allineamento ottimo in tempo e spazio quadratico con la matrice di programmazione dinamica. Esempi. |
Materiale in copisteria su sequence comparison |
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30/10/2007 |
Allineamenti di sequenze 2 |
Allineamento locale: definizione e soluzione con la matrice di programmazione dinamica. Esempi. Allineamento semiglobale: definizione e soluzione con la matrice di programmazione dinamica. Esempi. |
Materiale in copisteria su sequence comparison |
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12/11/2007 |
Allineamenti di sequenze 3 |
Ottimizzazioni: allineamenti in spazio lineare, allineamenti in spazio e tempo lineare per sequenze molto simili. Calcolo della longest common subsequence con la matrice di programmazione dinamica. Esempi. |
Materiale in copisteria su sequence comparison |
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13/11/2007 ore 14 aula PS1 |
SEMINARIO Automi di Aho Corasick per matching di insiemi di pattern e di espressioni regolari di S.Addea, A.Camaroto, A.Tani. |
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13/11/2007 |
Allineamenti di sequenze 4 |
Calcolo dell'allineamento ottimo con funzioni generali per le gap penalties. Calcolo dell'allineamento ottimo con funzione di gap penalty affine. Esempi. |
Materiale in copisteria su sequence comparison |
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19/11/2007 |
Allineamenti multipli. Ricostruzione di alberi filogenetici 1 |
Allineamenti multipli: SP score, a stella, ad albero. Matrici PAM. Il tool BLAST. Alberi filogenetici: introduzione. |
Materiale in copisteria su sequence comparison. Materiale in copisteria su alberi filogenetici. |
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20/11/2007 |
Ricostruzione di alberi filogenetici 2 |
Alberi filogenetici radicati e non: enumerazione. Metodi basati su distanze: algoritmo UPGMA. Esempi. |
Materiale in copisteria su alberi filogenetici |
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26/11/2007 |
SEMINARIO Algoritmo Boyer Moore in versione approssimata per sequenze geniche di D.Broccolo, L.Marcon, R.Vandoni. |
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27/11/2007 |
SEMINARIO Ricerca di blocchi di sintenia di M.Raglianti, R.Santoro |
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3/12/2007 |
SEMINARIO 1. Filtro per pattern matching approssimato di F.Pratesi e G.Righetti |
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4/12/2007 |
SEMINARIO Filtri per allineamento multiplo locale di Galdi, Golino, Sollano |
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10/12/2007 |
SEMINARIO Fragment Assembly di M.Sammartino, M.Sottile, D.Vitale |
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Materiale in copisteria su Fragment Assembly |
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11/12/2007 |
SEMINARI 1. Allineamento multiplo: tool a confronto di M.Tanca, A.Renieri 2. Il tool MFINDER di C.Aleci |
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12/12/2007 dalle ore 14 in Sala Seminari EST del Dipartimento di Informatica |
SEMINARIO Ricerca di ripetizioni colineari in cDNA di M.Orbini Michelucci, F.Rustici, M.Gutierrez |
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13/12/2007 dalle ore 14 in Sala Seminari EST del Dipartimento di Informatica |
SEMINARI 1. Il tool FANMOD di E.Croci. 2. Il tool MAVISTO di C.Guo, J.Shi (questo seminario si terrà in inglese). |
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