Current:

• 2020-2022: PRA UniPi Grant (coordinator: Nadia Pisanti) PRA_2020-2021_26 Metodi Informatici Integrati per la Biomedica.

Past:

• 2017-2019: SIR Grant (PI G.Rosone) Combinatorial methods for analysis and compression of biological sequences

• 2017-2019: University of Pisa Project (Progetto di Ateneo Call PRA 2017) Advanced computational methodologies for the analysis of biomedical data.

• 2015: University of Pisa Project (Progetto di Ateneo Call PRA 2015) Metodologie computazionali per la medicina personalizzata.

• 2014-2016: MIUR PRIN AMANDA: Algorithms for Massive and Networked Data [Partner: Pisa, Padova, La Sapienza, Tor Vergata, Roma Tre, Perugia].

• 2013-2015: Responsabile Scientifico of Industrial Project (conto terzi per finanziare ricerche e Assegno di Ricerca senza compenso alla sottoscritta) with SME Galileo Research srl Analisi comparata di dati derivanti da microarray, analisi proteomica, qRT- PCR per una nuova piattaforma tecnologica multifunzionale per la immunoterapia dei tumori

• 2011-2013: Responsabile Scientifico of Industrial Project (conto terzi per finanziare ricerche e Assegno di Ricerca senza compenso alla sottoscritta) with SME Abiogen Pharma SpA Creazione di un knowledge base per la biosimulazione e l˜Oaumento di predittivit`a e di traslazionalit`a di dati preclinici nel campo dell'ischemia cerebrale.

• 2009-2011. French National Project ANR MIRI BLAN08-1 335497 (I am associated to the INRIA team of Marie-France Sagot).

• 2010-2011. Italian PRIN project AlgoDEEP Algorithmic Challenges for Data-intensive Processing on Emerging Computing Platforms led by prof.A.Pietracaprina.

• 1999. MURST project Algoritmi per grandi insiemi di dati: scienza e ingegneria.

• 2000-2001. MIUR project Piattaforma distribuita ad alte prestazioni.

• 2002-2003. MIUR project ALINWEB: Algoritmica per Internet e per il Web.

• 2004-2006. MIUR project ALGONEXT: Algorithms for the Next Generation Internet and Web: Methodologies, Design and Applications.

• 2007-2009. MIUR PRIN project MAIN STREAM Algorithms for Massive Information Structures and Data Streams.

Current:

• 2021-2025: ALPACA: ALgorithms for PAngenome Computational Analysis. EU funded project Marie Skodowska-Curie ITN Programme Early Stage Researchers (coordinator Alex Schoenhuth, Bielefeld University) Combinatorial methods for analysis and compression of biological sequences.

Past:

• 2017-2019: Bilateral Project University of Pisa and King’s College London Processing Uncertain Sequences: Combinatorics & Applications, funded by the UK Royal Society (International Exchanges Scheme - 2016/R3).

• 2015-: Member of INRIA International Team ERABLE (INRIA, CWI, Pisa, La Sapienza).

• 2010-2011. ARC (Actions de Recherche Collaborative) project ALCOVNA: Algorithmes pour la comparaison et la visualisation de données de séquençage non assemblées. Partners: INRIA/IRISA Rennes, INRIA Rhone Alpes, INRA (Istitut National Recherche Agronomique) Toulouse, University of Pisa.

• 2001-2002. Programme Bioinformatique inter EPST 2000-2002 Regulation, Synteny and Pathogenicity - Algorithms and Experiments finanziato dal Ministero della Ricerca francese.

• 2002. Programma VINCI dell'Universita' Italo-francese. I Partner: Institut Gaspard Monge, Université de Marne-la-Vallée (Parigi), e Dipartimento di Informatica, Universita' di Pisa.

• 2003-2004. Programme Bioinformatique inter EPST 2002-2004 Algorithms for Modelling and Inference Problems in Molecular Biology finanziato dal Ministero della Ricerca francese.

• 2006. Programma GALILEO dell'Universita' Italo-francese dal titolo Algoritmi efficienti per l'identificazione e l'analisi delle ripetizioni e delle duplicazioni nelle sequenze genomiche di grandi dimensioni. I Partner: INRIA Rhone Alpes (Grenoble e Lione), e Dipartimento di Informatica, Universita' di Pisa.

• 2005-2007. Programme Bioinformatique inter EPST 2005-2007 PI-VERT Mathematical and algorithmical aspects of biochemical and evolutionary networks finanziato dal Ministero della Ricerca francese.

• 2005-2007 INRIA's "Associate Team" programme ARCOIRIS HELIX-USP finanziato dal Ministero della Ricerca francese.

• 2006-2009. FIRB Internazionalizzazione Italia-Israele su Pattern matching and discovery algorithms on discrete structures, with applications to bioinformatics, finanziato dal MIUR.