Il Dipartimento di Informatica possiede un centro di calcolo tra i più complessi e articolati dell'università di Pisa. Esso fornisce servizi e mezzi di elaborazione per la didattica e la ricerca. Il numero di utenti è molto alto: 2.000 studenti e oltre 100 tra professori, ricercatori e dottorandi. Le esigenze degli utenti sono molto diversificate: variano da esecuzioni elementari di semplici programmi, ad applicazioni complesse che sfruttano estensivamente e simultaneamente il potere di calcolo di molte macchine. Il centro si compone attualmente di due reti locali a tecnologia ethernet, collegate al SERRA (SERvizio Rete di Ateneo) e quindi alla rete nazionale della ricerca (GARR) e alla rete Internet, la più grande rete di ricerca mondiale. I locali della rete didattica sono situati nel polo didattico Fibonacci. Essa collega tra loro le risorse della sala macchine con i posti di lavoro riservati agli studenti. Nella sala macchine sono alloggiati: i calcolatori per la gestione dello spazio disco degli utenti e delle applicazioni, i router per la gestione dei collegamenti con l'esterno (Dipartimento di Matematica e SERRA) e le stampanti. Sono disponibili intorno a 80 posti di lavoro le cui stazioni sono costituite prevalentemente da PC in ambienti MS-DOS, MS-Windows e Linux, affiancate da alcuni terminali X in ambiente Unix/Sun e alcuni Mac. Di questi, 30 PC in ambiente misto MS-Windows/Linux sono organizzati in un laboratorio didattico (Aula H) attrezzato con altri sussidi audiovisivi.
La rete dipartimentale si trova in corso Italia e connette tra di loro: server dei servizi rete, stampanti, calcolatori dei laboratori di ricerca con workstation e personal computer presenti nei vari studi, nelle segreterie ammininistrativa e didattica e nella biblioteca. Le risorse di tale rete sono essenzialmente devolute alla ricerca dei docenti e ricercatori del dipartimento; ad essa afferiscono usualmente dottorandi, partecipanti a progetti di ricerca e tesisti che svolgono il loro lavoro nell'ambito di tali progetti. Nato agli inizi degli anni 80 con un Vax 780 della Digital e pochi terminali alfanumerici, il centro si è evoluto rapidamente in un sistema formato da decine di calcolatori, decine di stazioni di lavoro e centinaia di calcolatori personali. La stretta dipendenza dal Centro Nazionale Universitario di Calcolo Elettronico (CNUCE), che rappresentava l'unica risorsa di calcolo disponibile per la didattica e per la ricerca, si è via via allentata fino a diventare un rapporto paritetico di collaborazione. L'evoluzione del centro è stata influenzata dallo sviluppo tecnologico del settore. Per essere sempre avanzate ed economicamente convenienti le attrezzature devono essere periodicamente rinnovate. In un ambiente ad evoluzione così rapida può accadere che ci siano momenti di grande efficienza, quando tutto il sistema è messo a punto e le nuove apparecchiature funzionano perfettamente, e momenti di disservizio, quando le nuove macchine non sono ancora ben integrate con le altre o quando le vecchie macchine non reggono più il passo con quelle più moderne e veloci. Recentemente, la situazione si è stabilizzata raggiungendo una configurazione aperta che permette l'aggiunta, la sostituzione e la rimozione delle macchine senza che ciò causi danni o inconvenienti agli utenti. Un sottoinsieme di risorse hardware e software, associate ad un corso, costituisce un laboratorio virtuale, accessibile agli studenti del corso ad esso associato. Gli studenti che svolgono un lavoro di tesi hanno accesso a risorse più ampie che dipendono dal tipo di lavoro da svolgere.
Per accedere alle risorse del centro di calcolo è necessario seguire una trafila burocratica molto semplice che determina la creazione di un account (codice di accesso) per il nuovo utente. Ad ogni account è associata una parola chiave detta password. Ogni nuovo utente è tenuto a firmare una dichiarazione con la quale si impegna a usare correttamente le risorse che gli vengono assegnate. Secondo modalità stabilite dalla direzione del centro, periodicamente si eliminano gli account non rinnovati. La segretezza della password e il suo uso strettamente personale sono alla base del sistema di sicurezza del centro di calcolo. Ogni operazione effettuata da ogni utente lascia una traccia ben precisa. Prestare il proprio account equivale a prestare le proprie impronte digitali: può accadere di essere accusati di azioni illecite. Se prestare la propria password è un atto di leggerezza (soggetto a sanzioni interne, quali la sospensione dell'account per periodi variabili da uno a sei mesi), carpire e usare la password di un altro utente è un reato punito dal codice penale. Oltre alle risorse software di uso più diffuso (molti linguaggi di programmazione, editor, programmi di elaborazione di testi, compilatori, interfacce grafiche, e sistemi per la gestione di basi di dati), e ai servizi di stampa, vi sono servizi di rete di notevole interesse, come la posta elettronica e le news, con cui si comunica, sia a livello locale che a livello internazionale, Gopher e World Wide Web. Tutti i servizi disponibili sono documentati in linea o da manuali consultabili nella stanza attigua alla sala operatori. Imparare a consultare la documentazione prima di usare un servizio è la chiave per riuscire a usare i servizi offerti, senza accumulare frustrazioni ed insuccessi. In caso di necessità, ovvero dopo che la consultazione dei manuali ha dato esito negativo, ci si può rivolgere al personale del centro mandando un messaggio all'indirizzo elettronico help. È opportuno leggere la documentazione introduttiva all'uso delle attrezzature prima di sedersi davanti ad un terminale. Un buon punto di partenza è la guida Introduzione a Unix di G. Attardi e R. Orsini, pubblicata dal Servizio Editoriale Universitario di Pisa. La configurazione del centro ha un andamento molto mutevole. Nuove macchine sono aggiunte, altre vengono messe a riposo dopo anni di onorato servizio.